
A mi me costo un poco.. y conectando los puntos hacia atrás, como diría Steve Jobs, me parece fácil... pero por si alguien le interesa, no esta de más explicarlo.
De entrada necesitamos tener instalado Weka y MySQL. Si no tenéis la base de datos, os recomiendo un software gratuito que te instala PHP, Apache y MySQL funcionando perfectamente en windows, se llama WAMP.
Ahora vamos a la página de MySQL y bajamos el driver jdbc connector. Nos viene un zip con un archivo jar dentro que es el que ponemos en el mismo directorio que el programa Weka. Allí encontraremos un fichero que se llama Runweka.ini que habrá que editar. Se encuentra en ese fichero una linea (para el final) haciendo referencia al classpath (ruta con las clases necesarias de un programa java) y allí copiamos el nombre de nuestro jar como sigue:
cp=%CLASSPATH%;mysql-connector-java-5.1.5-bin.jar
Después ya podemos arrancar Weka y seleccionar "Open DB...". Tenemos varios parámetros aquí. La URL de Base de Datos hemos de poner la dirección de acceso a nuestro MySQL. También nos pide usuario y password y que consulta queremos hacer. La consulta es un SELECT cualquiera. Adjunto imagen de como me quedo a mi, teniendo en MySQL una base de datos llamada banco, con un usuario banco y dentro de esa DB una tabla que se llamaba "clientes".

A partir de ahí, el único problema que tuve fue con los tipos de datos. No utilicéis tipo INT para los numéricos, sino DECIMAL. Por lo demás, como una seda.